農業補助爆出藍綠執政縣市差很大，雲林縣長張麗善日前痛批農委會偏袒民進黨執政縣市，淪為綠營立委的輔選工具，像是西螺果菜市場改建案，縣府提案2億元遲遲沒下文，結果綠委劉建國一出面，就獲得1.5億元改善經費，對此陳吉仲駁斥是不實訊息。

農委會主委陳吉仲澄清，「我們那一天去是瞭解整個西螺果菜批發市場，未來它要做所謂的新建冷鏈設備的時候，希望它可以提出一個完整的規劃，而且我不是只有去一次，我在一、兩年前也去過一次，那這個完全要由當地包括西螺鎮公所，甚至勢必要透過雲林縣政府等，這些都還在規劃討論中。」

陳吉仲強調農業不分藍綠，但藍營立委質疑，南投茶業博覽會原本編列預算600萬元，農委會以疫情為由預算砍半，但行政院中部聯合服務中心執行長蔡培慧一爭取，除了撥預算，還加碼到700萬。陳吉仲解釋，農委會都全力協助正面活動，對於被質疑資源偏頗，農業政策、補助為綠委開大門，陳吉仲強調，所有補助經費預算都能攤在陽光下，讓外界檢視。